بعد سقوط إمارة بني جلاب و دخول الجيش الفرنسي لوادي سُوف في أواخر سنة 1854 إعتقد الفرنسيون أنهم أحكموا سيطرتهم على المنطقة إلا أن ذلك لم يحدث على أرض الواقع حيث لم ينعم الفرنسيون بالهدوء و الاستقرار بل جوبهوا بمقومات و انتفاضات متتالية من قبل الثوار و المقاومون الذين استفادوا من معرفتهم بمسالك الصحراء و قرب الحدود التونسية الليبية التي كانوا يلجاؤون إليها لتنظيم الصفوف و جلب السلاح و إعداد المقاومين .
و كانت المنطقة تعاني الاضطرابات و بدأت تحركات المقاومين و خاصة سي النعيمي , و محمد بو علاق اليعقوبي , و بن ناصر بن شهرة و الشريف محمد بن عبد الله .
أراد الجنرال راندون في أواخر الخمسينات ضبط الحدود الشرقية للمنطقة , فتم انجاز خريطة سنة 1857 و لكن الحدود النهائية للعرق الشرقي الكبير لم تحدد لها معالم ثابتة , و إنما خضعت للتغير باستمرار خصوصا ما بين 1867-1870 , إذ بقيت الحدود غير واضحة بين سوف و جنوب شط الجريد.
و لكي يتحقق نوع من الهدوء في وادي سوف , شيد الفرنسيون عدة أبراج للمراقبة في الجهات الأربعة لسوف لتأمين القوافل و المحافظة على الأمن , وهـذه الأبراج هي : برج الحاج قدورة في الجهة الشرقية , و برج بوشحمة في الشمال , بينما شيدوا في الجهة الغربية برجان , برج الفرجان , و برج مولاي القايد لحماية الطريق الرئيسي بين تقرت و سُوف .
و قد تجددت المقاومة عندما قدم الشريف محمد بن عبد الله و بن ناصر بن شهرة من تونس وشاركا في ثورة أولاد سيدي الشيخ في 1864 .فاستمر بن شهرة في المقاومة , بعدة جبهات في وسط الصحراء و في أطرافها المتاخمة للحدود الجنوبية و الشرقية . و كانت تربطه علاقة مع الطيب بن عمران الشعنبي السوفي , الذي كان مشهورا بجرأته و قوته , فجمع 264 من المحاربين من طُرود سُوف و شعانبة الوادي و عسكر بهم في جنوب ورقلة في فيفري 1864 لغزو تلك الجهات ثم إلتجأ كغيره من المقاومين الى تونس.
و تجددت المقاومة مرة أخرى بوادي سوف و ما جاورها ممتدة من عين صالح الى ورقلة و تقرت و سوف و تبسه و نقرين بالشرق و بلاد الجريد و نفطه بتونس , وقاد هذه المقاومة الشريف بوشوشة و محي الدين بن الأمير عبد القادر.
و قد تجددت المقاومة عندما قدم الشريف محمد بن عبد الله و بن ناصر بن شهرة من تونس وشاركا في ثورة أولاد سيدي الشيخ في 1864 .فاستمر بن شهرة في المقاومة , بعدة جبهات في وسط الصحراء و في أطرافها المتاخمة للحدود الجنوبية و الشرقية . و كانت تربطه علاقة مع الطيب بن عمران الشعنبي السوفي , الذي كان مشهورا بجرأته و قوته , فجمع 264 من المحاربين من طُرود سُوف و شعانبة الوادي و عسكر بهم في جنوب ورقلة في فيفري 1864 لغزو تلك الجهات ثم إلتجأ كغيره من المقاومين الى تونس.
و تجددت المقاومة مرة أخرى بوادي سوف و ما جاورها ممتدة من عين صالح الى ورقلة و تقرت و سوف و تبسه و نقرين بالشرق و بلاد الجريد و نفطه بتونس , وقاد هذه المقاومة الشريف بوشوشة و محي الدين بن الأمير عبد القادر.
فقد قام الشريف محمد التومي بوشوشة، بالسيطرة على ورقلة في 5 مارس 1871، وعيّن بن ناصر بن شهرة آغا عليها، وكانت ورقلة تابعة لسلطة أغا تقرت "علي باي بن فرحات"، فاتصل جماعة من شعانبة الوادي بالشريف بشوشة وأخبروه بأن "علي باي بن فرحات" قد أودع أمواله وعياله ببلدة قمار بوادي سُوف، فهاجمها بوشوشة يوم 8 مارس 1871 فاحتمت عائلة على باي بالزاوية التجانية، وبعد مفاوضات مع أعيان الوادي، رجع بوشوشة ونجت عائلة "علي باي بن فرحات".
زحف الشريف بوشوشة نحو تقرت و استولى عليها في 13 ماي 1871 وعيّن "بوشمال بن قوبي" آغا عليها، فصارت وادي سوف تابعة لسلطة بوشوشة.
ولما تأكد للفرنسيين من عجز "على باي بن فرحات" أعدوا جيشا بقيادة الجنرال "لاكروا فوبوا" الذي أعد خطة استطاع بها انتزاع ورقلة وتقرت من أنصار بوشوشة في جانفي 1872 ثم اتجه نحو سوف فأخضعها للسلطة الفرنسية وعيّن قائد الصبايحية "العربي المملوك" حاكما عليها.
زحف الشريف بوشوشة نحو تقرت و استولى عليها في 13 ماي 1871 وعيّن "بوشمال بن قوبي" آغا عليها، فصارت وادي سوف تابعة لسلطة بوشوشة.
ولما تأكد للفرنسيين من عجز "على باي بن فرحات" أعدوا جيشا بقيادة الجنرال "لاكروا فوبوا" الذي أعد خطة استطاع بها انتزاع ورقلة وتقرت من أنصار بوشوشة في جانفي 1872 ثم اتجه نحو سوف فأخضعها للسلطة الفرنسية وعيّن قائد الصبايحية "العربي المملوك" حاكما عليها.
والجدير بالذكر أن وادي سوف ما بين 1837 - 1872 كانت ملجأ آمنا للمقاومين، تدعمهم بالمال والسلاح والرجال، ولما انتهت فترة السبعينات من القرن 19 بتصفية فلول المقاومة الشعبية بالجنوب، بدأ الفرنسيون يهيئون الظروف للاستقرار في الجنوب الجزائري، قريبا من الحدود التونسية التي كانت فرنسا بصدد التخطيط لاحتلالها، وتعتبر سُوف أهم موقع يمكن استغلاله لتأمين ظهر الفرنسيين.
وتمكنت فرنسا من فرض الحماية على تونس في 12 ماي 1881 وفي مقابل ذلك كُلف الضابط "ديبورتار" - الذي سبقت له المشاركة في احتلال تونس - بتأسيس أول مكتب عربي بالدبيلة القريبة من الحدود التونسية، فكانت المركز الأول لاستقرار الفرنسيين في سوف. ثم أخذت القوات الفرنسية في التزايد بالدبيلة واستمر ذلك إلى سنة 1887، وبعد ذلك بدأ العدد يتناقص لأن الإدارة الفرنسية بدأت الاستقرار بقوة في مدينة الوادي عاصمة اقليم سُوف منذ سنة 1882، ويعتبر النقيب "فورجيس" (1886-1887) ثاني حاكم عسكري لملحقة الوادي، والذي خلف الضابط "جانين".
واستعان الفرنسيون بالقياد وشيوخ القبائل لادارة شؤون السكان، وصارت الوادي ملحقة منذ 1885 تابعة لبسكرة ثم حُولت إلى دائرة تقرت عام 1893، وشهدت الملحقة بعد ذلك تغيرات مستمرة في حكامها العسكريين.